日本全国のCOVID-19のRtの推移を可視化した話

環境

  • Windows10
  • python3.7

東京都だけの結果

  • まず東京の新規感染者数のグラフ。(途中点線の数字がはねているのは、データかけているところがあり、2日分計算されている場所なので補完している。)

Real Time Bayesian Estimation of the Epidemic Potential of Emerging Infectious Diseases

High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2

  • 東京だけのデータでRtを計算を行うと下記の様になる。

4月7日に緊急事態宣言が出てからRtの減少(2,3日の時差があり?)を認め、1以下となっている。また4月17日に上昇したが、ここ最近は1を下回っているように見える。

日本全国の結果

  • 更に日本各県のデータで同様の計算を再度行った結果が以下。(感染者数が少なく、計算が収束しなかった県を除いている)
  • 各県の棒グラフ

東京については徐々にRtが減少が見られるが、未だになお Rt = 1 付近を漂っている状態であることが推定された。

  • 東京以外の各都道府県は信頼区間が幅広くてそこまで意味が出てこないという気もする。
  • またアメリカと状況が違う点として、アメリカほど感染者数(検査数)が少ないという点があり、そもそもアメリカの各州程度の面積である日本を更に各都道府県と分けている状態が、計算の信頼度としてはどこまであるのか、公衆衛生と統計学の専門家に教えていただきたいところ。
  • Stay Home, Learn Code

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